ตั้งอยู่ใกล้กับศาลพระกาฬ มีลักษณะเป็นปรางค์เรียงต่อกัน 3 องค์ มีฉนวนทางเดินเชื่อมติดต่อกัน  พระปรางค์สามยอดเป็นศิลปะเขมรแบบบายน  ซึ่งมีอายุรวามพุทธศตวรรษที่ 18 สร้างด้วยศิลาแลง และตกแต่งลวดลายปูนปั้นที่สวยงาม  เสาประดับกรอบประตูแกะสลักเป็นรูปฤาษีนั่งชันเข่าในซุ้มเรือนแก้ว
ซึ่งเป็นแบบเฉพาะของเสาประดับกรอประตูแบบเขมรแบบายน ปรางค์องค์กลางมีฐาน แต่เดิมเป็นที่ประดิษฐานพระพุทธรูป และมีเพดานไม้เขียนลวดลายเป็นดอกจันสีแดง

ด้านหน้าทิศตะวันออกมีวิหาร  สร้างขึ้นในรัชสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช  ประดิษฐานพระพุทธรูปขนาดใหญ่ปรางสมาธิที่สมบูรณ์ดี  เป็นศิลปะแบบอยุธยาตอนต้น  อายุราวพุทธศตวรรษที่ 20

ปรางค์สามยอดนี้ แต่เดิมคงเป็นเทวสาถานของขอมในพุทธศาสนาลิทธิมหายาน  ต่อมาได้ดัดแปลงเป็นเทวสถานโดยมีฐานศิวลึงค์ปรากฏอยู่ในองค์ปรางค์ทั้งสามปรางค์ จนกระทั่งถึงรัชสมัยสมเด็จ
พระนารายณ์มหาราช จึงได้บูรณปฏิสังขรณ์พระปรางค์สามยอดเป็นวัดในพรพุทธศาสนา  แล้วจึงสร้างพระวิหารก่อด้วยอิฐ  ลักษณะสถาปัตยกรรมแบบอยุธยาผสมแบบยุโรปในส่วนของประตูและหน้าต่างภายในวิหารประดิษฐานพระพุทธรูปหินทรายปรางค์มารวิชัย  ศิลปะอยุธยาตอนต้นปัจจุบันยังคงประดิษฐานอยู่กลางแจ้ง